До 2003 года в стране было два крупнейших исследователя общественного мнения: ФОМ и ВЦИОМ. В 2002 году Минимущество в рамках госпрограммы приватизации приняло решение о преобразовании ФГУП «Всероссийский центр изучения общественного мнения» (ВЦИОМ) в ООО со 100-процентным участием государства. После преобразования было заменено почти все руководство ВЦИОМА, включая Юрия Леваду, возглавлявшего структуру более 10 лет. Ведущие социологи центра ушли во вновь созданную Левадой структуру ВЦИОМ-А. Новым руководителем ВЦИОМа стал давний знакомый тогдашнего замглавы управления по внутренней политике администрации президента Алексея Чеснакова Валерий Федоров.

Замена Юрия Левады, по словам Чеснакова, была связана исключительно с возрастом — к тому времени ему было более 70 лет, и он уже не мог находиться на госслужбе. Кроме того, ВЦИОМ ничем, кроме политических исследований, не прославился, а Минтруду (которому был подконтролен ВЦИОМ) нужны были профильные исследования по социальным вопросам. Но дело было не только в этом: выдаваемые ВЦИОМом результаты, да еще и накануне думских выборов, вызывали серьезные нарекания у администрации президента.

«Что касается претензий к Юрию Леваде, то главная причина заключалась в непонятных скачках рейтингов, которые ВЦИОМ выдавал в 2002-2003 годах. На пустом месте рейтинги изменялись на 10-15%. Если посмотреть на данные ФОМа и РОМИРа, то там никаких скачков не было. Почему же государственный исследовательский центр, и к тому же обладающий огромным авторитетом в обществе, дает такие странные данные? Но на этот вопрос удовлетворительного ответа получено не было. Левада занял позицию «отстаньте от нас, у нас все хорошо, если хотите что-то поменять, то это покушение на нашу независимость, разгром демократии и введение цензуры». Стало понятно, что директор компании совершенно не желает прислушиваться к своему нанимателю — государству. Левада — ученый с большой буквы, авторитетнейший профессионал, но руководить госпредприятием с таким подходом нельзя. Да он и сам это прекрасно понимал — неслучайно параллельную структуру, (ВЦИОМ-А), он создал еще за год до отставки и постепенно перевел туда сотрудников и контракты с основными клиентами. Такая вот «социологическая прихватизация»»,— вспоминает Федоров.

И Чеснаков, и Федоров утверждают, что Левада попросту не хотел отдавать хозяйственную часть центра: «Мы с ним встречались и обсуждали настоящее и будущее центра. На его взгляд, во ВЦИОМе все было прекрасно и менять ничего не следовало. Предмет для разговора, на его взгляд, отсутствовал»,— рассказывает Федоров. «Я обсуждал с Юрием Александровичем, что, возможно, ему стоит стать почетным президентом компании, а кресло гендиректора уступить кому-то другому, но он не хотел ничего никому уступать»,— вторит Чеснаков.

Замдиректора «Левада-центра» Алексей Гражданкин вспоминает, что недовольство АП вызвала независимая позиция Юрия Левады: он не посещал совещания в УВП, в отличие от главы ФОМа Александра Ослона. Новый глава ВЦИОМа Валерий Федоров с 2003 года и до сих пор регулярно посещает еженедельное политическое планирование в администрации.

Впрочем, сам Юрий Левада в интервью «Русскому журналу» в 2003 году объяснял, что ВЦИОМ мешал не завышать, а занижать показатели рейтинга президента Путина. По его словам, он не менее трех раз вмешивался в ставшие ему известными попытки напугать президента рассказами о том, что, по данным опросов ФАПСИ, его поддержка низка. Через несколько дней после этого заявления Левады в СМИ была опубликована «аналитическая записка» главы ФЭПа Глеба Павловского о заговоре силовиков.

ВЦИОМ-А просуществовал недолго: вскоре после запрета ФАС на использование аббревиатуры был образован Аналитический центр Юрия Левады. После смерти его руководителя в 2006 году гендиректором был выбран Лев Гудков.